прошивку покажите на которой приходится долго крутить стартером , если конечно не коммерческая ....
по поводу запуска предположу ,что вода в баке , прихватывается насос . и по мере прогрева давление востанавливается . сделайте из воды "водку" добавив в бак гр 300 спирта чистого , и выкатайте полностью бак . если проблема уйдет то чистите бак ,проблемма сезонная весной и осенью -
имхо
еще можно проверить пуск обеспечив авто теплое помещение на ночь