Уже кстати 13.04 версия вышла убунты. Наверное нужно попросить модераторов из названия темы версию убрать, а оставить только ubuntu )
Для правки реестра в wine есть редактор. Он в пакете wine-tricks или wine-stuff, точно не помню, так как у меня везде Arch.
Поищите все пакеты относящиеся к wine
apt-cache search wine
а потом доустановите их.
sudo apt-get install
Для установки нужной скорости COM портов используйте утилитку setserial, возможно прийдется "покурить" маны:
Сначала устанавливаем:
sudo apt-get install setserial
И начинаем курить:
man setserial
Также советую запускать "глючащие" проги из консоли:
wine имя_проги.exe
возможно вывод информации о работе программы позволит определить проблему при запуске.