Если "K-Line" отрезана от блока АПС (иммо) то влиять на работу ЭБУ иммо уже не может!
В Вашем случае возможно залили в ЕЕР "что то не то". Попробуйте очистить ЕЕР, потом скачать ЕЕР и проверить его в ХЕХ редакторе (должны быть везде FF). В противном случае если что то останется то мотор не заведется.После установки ЭБУ на авто и вкл. зажигания ЭБУ сам пропишет в ЕЕР нужную информацию.
Бывают интересные моменты на "Январях" при слабой батарее и низком U борт. сети (прокрутка стартером) в области ЕЕР прописывается "электронный мусор" и авто не заводится. Очищаем ЕЕР и мотор оживает!
При смене ЭБУ не нужно каждый раз трогать иммо! Это делается (для активации противоугонных функций) один раз! Если "противоугонка" не нужна, то иммо не трогаем!