3 сотки это как раз норм. зазор делают немного больше когда ставят поршня низкого качества чтобы не прихватило. у меня конечно автоваз, но было клокотание при прогреве, после прогрева работал по звуку похоже как у тебя пробег 50т разобрал промерил износа нет у меня правда поршня через сотку, подобрал, собрал двиг шелестит. то что износ на вкладышах я думаю после обработки промывать лучше надо