Любые работы производимые по гарантии АвтоВАЗ требует скриншот паспорта ЭБУ ( идентификационные данные ) и если КС и не будит совпадать то 100 % отказ в ремонте ДВС будит !
А дальше уже хочет клиент пусть судится, делает экспертизы, что хочет доказать, уже не чего не получится т.к. каждое обращение клиента в сервис делается токен сесия и все данные о пробеге ошибках по всем блокам и все идентификационные данные отправляются на заводской сервер !
Соответственно при выдаче автомобиля делается такая же сесия и там КС была одна, а на ремонт приехал с КС другой , ну как бы любой суд эти данные примет и признает факт вмешательство в ПО, что в следствии несет изменения в работы ДВС , что и могло привезти к поломке , одним словом можно мусолить долго эту тему ,но факт будит таковым, что отказ 100% в гарантии !
Не понимаю в чем сложность, зафиксировать заводские КС ,причем редактор в котором Вы делаете прошивку это может делать без проблем .