Если операция прошивки разовая, то скорее всего покупать 55/81-пин колодки нет смысла. А вообще если прошивать ЭБУ на столе (через BSL-режим), то как правило необходимо на блок подавать сигнал разрешения программирования и имея 55/81 колодки операция программирования упрощается и сокращается по времени в разы. Коммерческие загрузчики, которые позволяют "шить" ЭБУ диагностическим методом, не требуют подачи сигнала разрешения программирования на ЭБУ., и как правило такие загрузчики позволяют писать только область калибровок. Подключая блок на столе, можно работать с полным флешем, можно как читать фуллфлеш (полное содержимое флешки блока) и калибровки, так и писать фулл с калибрами, както так. С закрытыми ЭБУ немного другая история.
П.С. Как тут уже советовали, очень рекомендую почитать хелп к загрузчику chiploader. (chipsoft.ru)