Естественно СО надо регулировать, так как информация о коэффициентах хранится в Епроме, который Вы должны были потереть по рекомендации Виктора перед прошивкой. Во вторых, в разных прошивках установлены разные начальные параметры (состав смеси, БЦН, коррекции и тд), поэтому и ведут себя авто по разному.
А если "на пальцах" - новый карбюратор тоже требует регулировки.