Найди главное реле и выдерни его. Если зажигание отключится, то в ЭБУ может быть проблема.
Зажигание постоянно включено только с подключенным ЭБУ?
Соори, дочитал, что с отключенным ЭБУ всё норм.
Контакты в ЭБУ ты почистил, а вот в колодке нет. В колодке тоже может не быть контакта. При отсутствии контакта главное реле само не включится, поэтому контакт наоборот есть. Главное реле должно управляться минусом, поэтому это может быть где-то перетёртый провод который соприкасается на минус, но думаю что двигатель при таком условии заведётся. Большая вероятность, что неисправен сам ЭБУ.