Вы нигде ни слова не написали, что проверяли сканером на авто, не приложили скринов со сканера. Есть ли питание на разъемах ЭБУ, везде ли присутствует масса и т.д. и т.п. Только то, что прошивали ЭБУ. Но прошивать можно и на столе, сам их снимаю и на столе шью 71 модулем РСМфлеш, ранее их трикором делал.
Без диагностических данных это вы правы, только гадания. За 15 лет диагностической практики случаев было очень много, было желание помочь вам. Но смотрю вы и сами всё знаете, простых истин вам не нужно. А в вашем случае всё как раз очень и очень просто окажется. Но решать вам, удачи!