Имеется в виду Hyundai Trajet XG (FO) General 2006? Не помешало бы указать объём и тип ЭБУ.
Если это G2.0L, то это обычная SMARTRA и нет проблем.
Если G2.7L, то это другая система иммобилизатора.
Если D2.0L, снова SMARTRA.
Судя по сообщениям это SMARTRA, перевод без PIN в NEUTRAL естественно невозможен.
В состоянии NEUTRAL любой ключ в замке (даже если он Virgin, Learnt, Invalid) всё равно будет =Not Check и Learned keys =0.
Если ключи с PCF7936 новые (о какой подготовке может идти речь, понятия не имею), они пропишутся с любым PIN (рекомендую использовать родной) при исправной системе.
Вывод: неисправен ECM, связь с SMARTRA-усилителем, SMARTRA-усилитель, антенна, ключи.
Естественно не помешало бы обратиться в техподдержку сканера, скандок переводит в нейтральный режим SMARTRA и прописывает ключи. В крайнем случае, решается в техподдержке. За X100+/X100PRO не скажу.