Я вижу такой вариант, как спаять все сигнальные земли прямо на разьёме на контактах платы и куда-нибудь в общую точку. Общая точка по логике должна быть соединена с землёй после источника питания или около ацп на проце. Можно туда поставить резистор на 0 Ом, но тут ещё надо смотреть на защитные диоды на входе сигнальных цепей, может и через них всё сгореть. Можно в разрыв от земель на разьёме поставить резисторы на 0 Ом, но это не спасёт от замыкания на сигнальные провода.
Чудные самовосстанавливающиеся предохранители уместно ставить только по питанию, и не очень ответственному. у них слишком нестабильные параметры, к примеру, можно посмотреть Bourns.