Понятно.
Просто позавчера шил Лансер 9 на автомате и столкнулся с такой же проблемой. После долгих танцев с бубном, переустановки EcuFlash и драйверов пришел к тому, что с коробкой автомат читается вкладкой "Mitsubishi EVO9/Eclipse AT"
Достаточно указать путь к rommetadata и User level - Developer.
Во время чтения при выборе типа ЭБУ вместо Mitsubishi 3-rd gen нужно выбрать Mitsubishi EVO9/Eclipse AT